La Hermandad y Cofradía, inició sus actividades participando en la Procesión del Domingo de Ramos. Posteriormente en el año 1998 organizó conjuntamente con la Congregación dels Dolors el Primer Pregón de Semana Santa en Lleida, continuando con su participación en las procesiones de Lleida desde entonces y celebrando la Romería del Rocío desde el año 2000, en la ciudad de Lleida, aunque participando con otras Hermandades Rocieras especialmente la Hermandad Rociera de Valencia en la Romería del Rocío en la población de Almonte (Huelva).
En el año 2005, gracias a la designación como Hermano Mayor de José Manuel Gómez, se presentan los estatutos canónicos ante el Obispado, siendo aprobados durante el primer Triduo dedicado a la Virgen del Rocío en junio de 2006.
En la Semana Santa de 2007 se participa por primera vez en la Procesión del Santo Entierro, organizada por la Congregación de la Sangre.
En el año 2007 se unifican las cofradías del Santísimo Cristo del Silencio y la Hermandad del Rocío y Cofradía de Nazarenos del Santo Crucifijo, siendo aprovados los nuevos estatutos por el Administrador apostólico de la Diócesis, en ese momento, MN. Javier Salinas, en fecha 12 de diciembre de 2007.
Durante el inicio del 2008, ya en la nueva sede canónica, la Parroquia de Sant Martí se inician los trámites para recuperar la Procesión del Silencio, con la autorización gubernativa y eclesiástica, recuperando de esta manera una procesión en Jueves Santo que dejó de celebrarse a mitad del siglo XIX y que popularmente se la conocía como la procesión del traslado.
Una vez completados todos los trámites se sale en procesión en Jueves Santo desde la sede canónica de la Hermandad y por el casco antiguo de la ciudad. Al finalizar la Procesión del Silencio la Banda de Tambores de la Cofradía de la Casa de Aragón hizo la Rompida del Silencio con gran solemnidad.
Esa Semana Santa de 2008 ha sido histórica dado que la Cofradía ha efectuado todas sus salidas penitenciales, Domingo de Ramos, Jueves Santo y Viernes Santo desde la Sede Canónica.
En el Cabildo de inicio de curso 2008-2009 se aprueba por unanimidad iniciar los trámites para la construcción de un nuevo trono para el Cristo de la Agonía, siendo encargado a la empresa Belloso de Zaragoza y que realizará las tallas en el taller de Madrid, el trono que tendrá una longitud de 6 metros de largo por dos de ancho procesionará el Jueves Santo y Viernes Santo en la Semana Santa de Lleida.
Se inicia la restauración de la talla del Cristo en los talleres de los imagineros leridanos de Jose Antonio Ferrer y Luis Capdevila, y varios cofrades participan en la fabricación de una nueva Cruz y una peana para la imagen que es estrenada el Miércoles de Ceniza de 2009.
En la Semana Santa de 2009, la noche del Jueves Santo es estrenado el nuevo trono para el Cristo de la Agonía de Lleida, también se efectúa la salida penitencial de la Iglesia Románica de Sant Martí, siendo una imagen espectacular la salida del Cristo de la Iglesia por la puerta que desde hacía más de dos decadas que no tenía ninguna utilización. La Procesión del Silencio recorrió las calles del casco antiguo con gran solemnidad y con la participación de más de 1000 personas en la procesión.
En noviembre de 2009, la Asociación de Vecinos del Barrio de Jaume I, la Hermandad y Cofradía dentro de las Jornadas Culturales de su entidad, es homenajeda por su aportación al barrio con la celebración de la Procesión del Silencio.
Durante ese mismo mes de septiembre se inicia la bolsa de caridad de la Cofradía que recibirá el nombre de Proyecto Solidario Madre Félix.
En el Cabildo de inicio de curso 2008-2009 se aprueba por unanimidad iniciar los trámites para la construcción de un nuevo trono para el Cristo de la Agonía, siendo encargado a la empresa Belloso de Zaragoza y que realizará las tallas en el taller de Madrid, el trono que tendrá una longitud de 6 metros de largo por dos de ancho procesionará el Jueves Santo y Viernes Santo en la Semana Santa de Lleida.
Se inicia la restauración de la talla del Cristo en los talleres de los imagineros leridanos de Jose Antonio Ferrer y Luis Capdevila, y varios cofrades participan en la fabricación de una nueva Cruz y una peana para la imagen que es estrenada el Miércoles de Ceniza de 2009.
En la Semana Santa de 2009, la noche del Jueves Santo es estrenado el nuevo trono para el Cristo de la Agonía de Lleida, también se efectúa la salida penitencial de la Iglesia Románica de Sant Martí, siendo una imagen espectacular la salida del Cristo de la Iglesia por la puerta que desde hacía más de dos decadas que no tenía ninguna utilización. La Procesión del Silencio recorrió las calles del casco antiguo con gran solemnidad y con la participación de más de 1000 personas en la procesión.
En noviembre de 2009, la Asociación de Vecinos del Barrio de Jaume I, la Hermandad y Cofradía dentro de las Jornadas Culturales de su entidad, es homenajeda por su aportación al barrio con la celebración de la Procesión del Silencio.
Durante ese mismo mes de septiembre se inicia la bolsa de caridad de la Cofradía que recibirá el nombre de Proyecto Solidario Madre Félix.
En el año 2010, se efectúa la restauración del estandarte a cargo de los talleres de José Antonio Ferrer. La bolsa de caridad sigue sus actividades durante todo el año con el Proyecto Solidario Madre Félix, en tres lineas de actuación, el banco de alimentos, las clases de repasos a niños necesitados y el reparto de juguetes solidarios durante la Navidad.
En junio de ese mismo año se celebran elecciones a Hermano Mayor, siendo reelegido en su cargo José Manuel Gómez.
Se efectuó la edición de una serie limitada de botellas de cava con el escudo de la Cofradía.
En 2014 se amplía el recorrido de la Procesión del Traslado que la Hermandad y Cofradía celebra en la noche de Miércoles Santo.
Se recupera el primer itinerario de la Procesión del Silencio desde su salida de Sant Martí y se protocolizó la petición de la venia para la Estación de Penitencia en el Oratorio de los Dolores.
En el año 2015, se realiza la instalación en el paso de Cristo de unas nuevas cabezas de varal que son bendecidas a la finalización de la Procesión del Traslado en Miércoles Santo y se incorporan las medallas de la Real y Venerable Congregación de Los Dolores y la de la Cofradía de la Piedad de Jaume I.
En la Semana Santa de 2016, se nombra Hermano de Honor al Monseñor Salvador Giménez Valls, se realiza la imposición de la Medalla de Honor durante la oración de salida de la Procesión del Silencio, en que la ha sido la primera participación de un Obispo de la diócesis de Lleida en la Procesión del Silencio, dando el toque de honor en la campana del paso del Cristo de la Agonía.
Durante el año 2017 se finalizan los trámites burocráticos y la Cofradía del Santísimo Cristo de la Agonía y Hermandad de Nuestra Señora del Rocío de Lleida queda registrada como entidad religiosa en el Registro de Entidades Religiosas del Ministerio de Justicía con el número de registro 023587.
En 2014 se amplía el recorrido de la Procesión del Traslado que la Hermandad y Cofradía celebra en la noche de Miércoles Santo.
Se recupera el primer itinerario de la Procesión del Silencio desde su salida de Sant Martí y se protocolizó la petición de la venia para la Estación de Penitencia en el Oratorio de los Dolores.
En el año 2015, se realiza la instalación en el paso de Cristo de unas nuevas cabezas de varal que son bendecidas a la finalización de la Procesión del Traslado en Miércoles Santo y se incorporan las medallas de la Real y Venerable Congregación de Los Dolores y la de la Cofradía de la Piedad de Jaume I.
En la Semana Santa de 2016, se nombra Hermano de Honor al Monseñor Salvador Giménez Valls, se realiza la imposición de la Medalla de Honor durante la oración de salida de la Procesión del Silencio, en que la ha sido la primera participación de un Obispo de la diócesis de Lleida en la Procesión del Silencio, dando el toque de honor en la campana del paso del Cristo de la Agonía.
Durante el año 2017 se finalizan los trámites burocráticos y la Cofradía del Santísimo Cristo de la Agonía y Hermandad de Nuestra Señora del Rocío de Lleida queda registrada como entidad religiosa en el Registro de Entidades Religiosas del Ministerio de Justicía con el número de registro 023587.
En el año 2018, el Obispado decide cerrar la Parroquia de San Andrés, y para que siga abierta y dar un uso correcto a las instalaciones, traslada la Sede Canónica de la Cofradía a dicha Iglesia que compartirá espacios como sede canónica del Secretariado de Congregaciones, Cofradías y Hermandades del Obispado.
A partir de ese año y después de unas pequeñas obras de adecuación, se recuperan los cultos y actos periódicos de la Cofradía y Hermandad en dicha sede canónica.